Хмм, а зачем заморачиваться с клонированием когда можно хоум забекапить, а система тупо перельется со всем софтом с скоростью скачивания пакетов (но простите, я испорчен nixos'ом где у меня на гитхабе _все_ конфигурация хоста, влючая софт (и исключая пароли/ключи) -- то есть после выливки остается сделать passwd root && passwd $self)