за "рукосборный" а не скриптосборный кстати надо руки рвать.
А куда уж класть конфиги айсвм -- они у тебя в таком раскладе либо в бекап хома попадают (или репо с дотфайлами, что более вероятно -- у вас же есть репо с дотфайлами? или вы настраиваете все вручную каждый раз) или в репо с configuration.nix, и соотвественно куда-то внутрь системы. То что не закоммичено в гит/hg/whatever -- не существует